1988年7月，關東地區使用新型炸彈進行爆破，第三次世界大戰即刻爆發。31年后，人類從一片廢墟中重建都市，東京灣上建立了巨大城市——新東京。世界仿佛要恢復到以前的繁榮。　　2019年的一個夜晚，新東京郊外的封閉高速公路上，暴走族團體正在公路上飆車。帶頭的少年，是一名叫做金 田的職業高中學生。　　突然，街上出現了一位奇怪的矮個子男子，暴走族少年鐵雄為躲避車禍連人帶車飛出公路。正當金田要拿那位男子問罪...

東京峰會召開在即，為了確保會議順利進行，日本警方出動約兩萬名警力對位于東京灣的超大設施“海洋邊緣”進行安保工作。可就在嚴密的防控下，此地已然發生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，現場居然留下了對毛利小五郎（小山力也 配音）極其不利的證據。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南則發現安室透曾出現在爆炸現場，并且負了傷。為了還毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年偵探團的小伙伴們聯合起來勘察...

東京峰會召開在即，為了確保會議順利進行，日本警方出動約兩萬名警力對位于東京灣的超大設施“海洋邊緣”進行安保工作。可就在嚴密的防控下，此地已然發生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，現場居然留下了對毛利小五郎（小山力也 配音）極其不利的證據。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南則發現安室透曾出現在爆炸現場，并且負了傷。為了還毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年偵探團的小伙伴們聯合起來勘察...

故事發生在東京八丈島近海，這里建成了一座連接了全球各地警方監控攝像的海洋設施“太平洋浮標”。在這座設施正式啟動之前，為了與歐洲刑警組織管轄的范圍聯網，世界各國的IT工程師來到現場。而與此同時，一項應用了人臉識別系統的“新技術”的測試也在進行中……...

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